第四近卫军补充7万俘虏兵后，扩编为第四近卫集团军。
亲卫师扩编为禁军，下辖三个步兵师、一个炮兵师、一个骑兵师，共5万5千人。
第一、第六、第七、第八、第九、第十一军，全部扩编为集团军，编号不变。至此，吴天佑的华军作战编制，全部定格在集团军这个级别。
根据战场变化，总参谋部根据吴天佑的指示，重新分配了作战任务：
广西境内，第三近卫集团军驻守南宁，广东廉州府划归广西，第六集团军驻守柳州府。
第二近卫集团军从广西、第一近卫集团军从湖南夹击贵州。第七集团军从湖南永顺府出发，沿官道经永绥厅（今花垣县）杀入四川酉阳州。
北路第三集团军则从湖北郧阳府出发，沿官道攻打陕西陕西兴安府、汉中府。
第四集团军北上接防湖北，第五集团军从武昌出发，经郧阳出湖北，从陕西兴安府沿官道南下，攻打四川太平厅、绥定府。然后，绥定府的第五集团军、酉阳州的第七集团军合围重庆。
第十一集团军驻守湖南。
就在中国大地打得不可开交的时候，等待多时的日本倒幕军终于忍不住，拉开了他们的进攻序幕。到五月底，萨摩、长州、艺州三藩的大军陆续集结于京阪地区，摆开了与幕府决战的阵式。六月初六，岩仓具视等晋见明治天皇，奏请实行“王政复古大策”。
同时西乡隆盛指挥军队包围御所，发动宫廷政变。当天下午，以天皇的名义召开了由皇族、公卿、大名和武士参加的御前会议，发布《王政复古大号令》。当夜，又在小御所召开三职会议，责令德川庆喜“辞官纳地”。
六月初七，松平春岳等向德川庆喜传达小御所会议的决定，被德川庆喜拒绝。当天晚上，长州藩的先遣部队开进京都，倒幕派声势大振。德川庆喜遂于初八离开京都，退往大阪城。
六月十一，德川幕府一方放火烧毁了在江户的萨摩藩邸。消息传至大阪，幕府方面军队士气大振，急欲一战。德川庆喜于六月十五日发布“讨萨表”。
六月十七，以会津、桑名两藩为先锋的幕府方面军队从大阪向京都发动攻击，同萨摩、长州两藩为主力的倒幕派军队在京都南郊的鸟羽、伏见城相遇，双方展开激战。经过三天血战，一万五千人的幕府军全线溃败。
面对日本幕府军和倒幕军的两军大战，唐忠佐不为所动，冷眼旁观。只要幕府不主动请求他就不会出兵，除非倒幕军打上门来。
而且，只有在对方走投无路时出手相救，效果才最好。
