一、北路军由第三集团军、第五集团军组成，共15万人，攻占整个湖北。第三集团军司令牛大壮任总指挥，第五集团军司令林小虎任副总指挥。完成任务后，第三集团军从浔阳府攻入陕西兴安府、汉中府，就地驻防，切断四川清军北逃的路线。
第五集团军总部设在武昌府，驻防湖北。鄂北太平军退回太平天国中枢控制区；
二、中路军由第一近卫集团军、第四集团军、第七军、第十一军组成，共25万人。第一近卫集团军司令韩鹏任总指挥，第四集团军司令严三狗任副总指挥，从北、东、南三个方向会攻湖南。
第四集团军经武昌府蒲圻（pú qí）沿官道从北攻打湖南岳州府；第一近卫集团军、第十一军从江西袁州府出发，沿官道从东攻打长沙府；第七军从广东韶州府从南进攻郴州。
三、南路军由第二近卫集团军、第三近卫军、第六军组成，共19万大军。由第二近卫集团军司令杨彪任总指挥，第三近卫军军帅雷彪任副总指挥。
第三近卫军从廉州府出发沿官道攻打南宁府、太平府；第六军从惠州出发，经广州沿官道穿过肇庆四会、广宁，攻打广西怀集，然后沿官道南下攻打梧州府、郁林州（今玉林）、浔州府。第二近卫集团军从杭州登船去广州，再从广西怀集沿官道向西北攻打平乐府、桂林府、柳州府等，直到占领广西全境。
四、陆顺德长江水师2万人率主力进入洞庭湖、荆州府一带配合各军作战。
这一次，不仅是清廷震动，整个欧洲也开始注意发生在远东的这场国内战争。英国泰晤士报在华国文宣部批准后，派战地记者跟踪报道这次战事。
华国三路伐清的消息很快传遍了大江南北，一时间，江南各省清军人心惶惶。江南，现在实际上已经失去了同清廷的联系，朝廷无法为他们提供任何帮助。退而求其次，许多地方官员纷纷联系曾国藩，这个在整个江南官位最高、兵力最多、实力最强的人寻求帮助。
而清廷慈禧为了应付即将到来的大战，考虑到朝廷今后将失去对南方各省的指挥控制，派800里加急传旨，封两江总督曾国藩为钦差大臣，加太子太保衔，奉旨督办江南各省军务，其巡抚、提镇以下悉归节制。
这样，曾国藩成为了清廷南方的实际控制人。
长沙城里，湖南巡抚衙门被临时改成了曾国藩这个钦差大臣办公场所，待到各路巡抚、清军将领退去后，曾国荃说道：
“大哥，这次华军来势汹汹，数十万大军来攻，只怕我军有覆灭的危险。在湖南硬扛是扛不住的，我们是否要早做打算？”
曾国藩闻后点点头：“你去准备吧，先把内军需所迁到云南昆明去，你带3万吉字营沿途护送，动作要快。到了昆明，要迅速掌控局势，明白吗？华军的攻击很快就会展开，迟则生变。他们一时半会打不到云南，我们只要能坚持住，就可以拖住华军北伐的脚步，为朝廷赢得时间做好防御准备。”
