攻占杭州后，吴天佑一直留在城北武林门外的扬威军大营里，处理各项军政事务。战后的杭州城，很快恢复了平静。由于来存率领杭州文武投降，所以战争并未对杭州产生多大破坏。一些想趁战乱之时浑水摸鱼、发点小财的人，也让扬威军抓的抓杀的杀，剩下的只能乖乖听话，做个良民。
见局面已趋安定，吴天佑才搬进杭州，在离巡抚衙门不远的一处宅院住下。此宅原属一刘姓官商，由于极度敌视太平天国，积极参与对抗扬威军，在扬威军入城后被定罪、抄家。
宅院是典型的二进四合院结构，正房加东西两厢房，一共不过十来间。结构是坐北朝南，约1500多方，带有一个小花园。属下都说此宅太小，和军帅身份不符，建议换个大点的，被吴天佑拒绝。那些大型府邸，吴天佑不是不喜欢，而是另有他用。
鉴于控制的地盘不断扩大，军政事务越来越繁重，于是决定仿明朝内阁旧制，在幕府的基础上组建“幕僚府”，负责处理民政事务，幕僚府的办公地就是原浙江巡抚衙门。
因为幕府虽然是现在下的流行称呼，并无不妥。可“幕府”二字却老让吴天佑想起后世的小日本，很是不爽。所以执意改名为幕僚府。
虽然吴天佑更喜欢后世各种部委的称呼，可考虑到对士人的吸引力以及民众的理解，吴天佑最后还是决定，采用历代标准的六部制。
在幕僚府下设官吏司、度支司、文宣司、武库司、刑法司、工农司，对应六部中的吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部。
同时，吴天佑按自己的意愿，增设了卫生司、商贸司。所以，幕僚府下实际设置八司。
贺黎明为度支司郎中、张芾是刑法司郎中、王铭镇是工农司郎中、张宝骏是官吏司郎中、杨文才是文宣司郎中、陈观堂为武库司郎中、余之莱是商贸司郎中、汪渠棠是卫生司郎中。
吴天佑又在扬威军军部设置参谋部，参谋长暂时空缺。贾绍明出任副参谋长，主持参谋部的日常工作。
杭州虽已占领，可附近的战事仍未结束。扬威军在杭州立足未稳，时刻警惕清军反扑。所以，吴天佑几乎全身心放在军事上，至于民政事务，则放手由幕僚府处理。
根据参谋部的规划，吴天佑派出第二师攻打余杭，和昱岭关方向过来的第四师、水师右营及骑兵队，形成东西夹击之势，相继攻占昌化、于潜、临安、余杭四县。
而林小虎的第五师也攻占了富阳和新城两县。整个杭州府除东北方的海宁州，已全部归扬威军掌控。随后，吴天佑根据参谋部建议，把严州、金华两府交由陆军第三师负责。把第五师和水师左营调回杭州。
这次战役，扬威军一共俘获了1万多清军士卒。经筛选，得了近8千士兵，正由武库司训练处加紧训练。三个月后，有望投入使用。
对于这次张玉良清军的进攻，吴天佑非常重视，这是扬威军占领杭州后的第一仗。只有把清军打痛、打怕了，杭州才能得到相对安宁。
于是要求贾绍明的参谋部先拿出一个初步意见，再讨论决定。贾绍明接到命令立即带领人员，连夜赶制计划。今天一早，就带着几个参谋，来找吴天佑汇报。
“报告军帅。”几人齐齐立正敬礼。
吴天佑起身回礼。“贾参谋长来啦。快坐快坐，大家都坐下。”随后吩咐卫兵上茶。
“军帅，这是我们拟定的作战计划，请你过目。”
吴天佑接过计划书，看都没看，就放下在桌面上：
“贾参谋长，你直接给我解释吧，计划我随后再仔细看。”
“是，军帅。”
贾绍明起身拿出地图，在办公桌上摊开。
“军帅，据情报，现在张玉良部的总兵力已经有3万1千人，加上民夫，人数超过4万。部队有马兵3000，前膛火枪兵2000，10门火炮。经过粮草补充，张部已于昨天从嘉兴出发......
我军计划在临平和张部决战，以特战师、炮兵1旅负责正面战场，第二师负责左翼、第四师负责右翼，水师左营、水师右营为预备队。第五师、亲兵旅驻防杭州。”
听完贾少明的讲解，吴天佑靠在椅背抬头仰望，闭上双眼沉思。严格来讲，这个计划中规中矩，没有什么问题。按扬威军的战力，击败张玉良部，打一场大胜仗当在意料之中。
可这么打，不仅不符合自己的风格，还会造成部队伤亡较大，且只能击溃敌军。怕是过不了多久，敌人又会卷土重来。这样拉锯作战，扬威军还怎么恢复生产、发展经济？
“这个计划有问题。按这样打，就算我们打赢了，能消灭多少清军，你们估算过吗？”
“估算过。我们有信心可以吃掉一半，甚至更多。”
“有道是，伤其十指不如断其一指。我要求这个计划能重创、甚至围歼这股清军。我提个想法，就是诱敌深入，把敌人放进来打，让他们败了都没地方跑。
临平到杭州有50多里路，他们一天是不能走完的，必须在途中扎营。我们这时候如果拿下临平，就会形成关门打狗之势.....你们就按这个思路重新拟定计划吧。”
吴天佑把计划书退给贾绍明，然后继续说道：
“参谋长，不是你们的计划不行。是我们现在初创，本钱小，这种消耗战我打不起啊。就算付出再多的代价，我们都要争取打歼灭战。打到敌人听到扬威军三个字就双脚发软，打到敌人看到我军就想跑。
