孙元化等人返回京城后，遭朝臣指斥入狱，最终被处以极刑。而孔有德叛军在登州缴获甚广，据说已有三百余门火炮，手下也发展到七千之众。
最终，孔有德等人以船百余艘，连同军器、枪炮等，从登州起航，至鸭绿江口镇江堡登陆降金。
孔有德在致皇太极的书信中自辩道：“前奉部调西援，钱粮缺乏，兼沿途闭门罢市，日不得食，夜不得宿，忍气吞声，行至吴桥，又因恶官把持，以致众兵奋激起义。”
孔有德得意地向皇太极表示：“本帅现有甲兵数万，轻舟百余，大炮、火器俱全。有此武器，更与明汗同心协力，水陆并进，势如破竹，天下又谁敢与汗为敌乎？”
皇太极大喜过望，亲出郊十里相迎接。
孙元化还没来得及自刎就为叛军所俘虏。孙元化是孔有德的老长官，若非当年孙元化收留，孔有德难保不步毛文龙后尘，故孔有德“以元化故有恩，纵使航海去”。
他是明末难得的火器专家，是徐光启的得意门生，曾向徐光启学习火器和西洋算学。
以徐光启、李之藻、孙元化为代表的士大夫与西方传教士亲近，热衷于学习西方技术，极力引进西洋大炮。
孔有德的手下便是一支装备了多种西方火器的精锐部队。
虽然此前在后金已经自行铸造过几门大红衣炮，并由明军降卒操作，在大凌河之战中已经崭露头角，但孔有德部的加入无疑极大增强了后金火器部队的实力。
该部在西洋火器专家的一手训练下，利用西方的弹道学、几何学和物理学计算炮弹轨迹，其命中率远高于仅凭经验、口耳相传的传统炮队。
在孔有德投降仅数年之后，皇太极征朝鲜时，朝鲜人惊愕地发现后金军队中不仅装备了红夷大炮。
并能组织起几天几夜的猛烈炮击，令朝鲜的城墙灰飞烟灭，士卒无处藏身。朝鲜降服后，后金也多次征调朝鲜火铳手用于攻坚作战。
与此形成鲜明对比的是，明末的火器生产反而遭遇了很大困难，前线部队火器严重缺装。
在孔有德降清之后甚至出现明军火器在数量上被新生的清军乌真超哈（满语“重兵”之意）压制的情况。
明代自立国起就在制度上确立了一系列装备火器的军规，从纸面上看，明军的火器装备率在稳步提高，明军应该是一支火力不断增强的部队。
但实际上，到了戚继光整治蓟辽边军时，大部分的卫所军队已经不能拿到足够的火器，戚继光获得了朝廷的重点扶持，才把火器的装备率拉上去。
在当时，很多边镇会向朝廷要求发放火器，但朝廷并不会把边军要求的那些装备直接发过去，而是下发所谓的“便利火器”，边军要的是大炮，结果收到了一堆一只手能拎得起来的单兵火器。
明末是个悲情的时代，无法言说他的故事，哪怕过了几百年仍然对其念念不忘……
