他们在之前就已经对沈?等人的行动有所耳闻。
在南京军队开动的前一天，教士们已经从北京来的信使和兵部官员口中知道了留都衙门要对天主教众采取行动的消息。
王、谢二人了解后就到教堂做了忏悔和献祭，将堂内的贵重物品收拾好寄存到一个基督徒的家中，然后平静地等待官兵到来。
这次下达逮捕令的人不是深居九重的万历皇帝，也不是发起教案的沈?，而是南京巡城御史孙光裕。
军士们清点完房屋里的东西并将其封存好后就用轿子把王丰肃“请”到监狱。
将身体抱恙的谢务禄暂时单独关押在一间空房子里。
直到第二天官兵才在沈?的再三催促下将谢神父押入大牢。
与此同时，南京当局也对与洋神父有关系的中国人进行逮捕。
在官兵抓捕的过程中，一位叫姚如望（教名John）的基督徒。
当着官兵的面手执黄旗，口称“愿为天主死”。
众位官差非常感动并把他抓回监狱审讯。
整场行动持续到八月，南京当局一共拘捕了24名教会相关人士。
里面有修士钟鸣礼、曹秀、钟鸣仁，有为教会做工的百姓。
还有被卖给神父的孩童，上至六十多岁下到十几岁。
这些天主教要儿童和别人养死士差不多，不安好心
随后籍贯遍及大江南北。
抓捕行动完成后，南京礼部于八月向城内百姓发布了一张告示，历数这些洋教“邪党”的罪行。
同时又申明不会伤及无辜，“只欲申严律令，解散其徒众耳”，请百姓放心。
这次由巡城御史孙光裕发起的拘捕行动让沈?颇有些意外，本来他想等待上峰命令再采取行动的。
以免予人话柄，现在既然生米已成熟饭，就只能顺驴下坡一路走到黑。
干你个驴熊。
你们这群不安好心的洋鬼子，就是为了坑害汉人百姓。
沈?随后又向神宗皇帝上了一封奏疏——《再参远夷疏》。
里面指控教士在南京洪武王冈、孝陵卫等陵寝重地私建房屋，聚众集会，遍传符咒歌谣，居心叵测。
后又质疑：自己五月初上奏、七月初才见之邸报的《参远夷疏》。
为何北京的神父七月初就已经知道且广发揭帖回应，二十一号就 “已有番书订寄揭稿在王丰肃处矣”。
指出“狡焉丑类，而横弄线索于其间，神速若此，又将何为乎？”。
显示天主教徒已经在大明建立了一套属于自己邮政系统。
沈?最后再次催促皇帝“即下明旨，容臣等将王丰肃等，依律处断”，其他从犯如钟明礼等也一并处置。另一边厢则加紧对被捕教众的审讯。
