就这样一直托了半年多，天启皇帝本来还想装聋做哑的玩下去，可有人沉不住气了，这崔呈秀不知从那得来风声，说东林书院的几位君子要阴谋造反。
于是他搜查了东林书院，在东林书院搜出有反动诗词、有骂魏忠贤阉党干政的，有骂皇上玩物丧志的，还有东林书院的人同朝中大臣们的来往书信。
这些东西很快被魏忠贤拿着让天启皇上观看，天启看后知道不管不行了，让查封了东林书院。
东林书院一查封那郑贵妃的侄儿郑安又加紧了四处喊冤告状。魏忠贤又搜集了很多东林党人平时不注意露出的破绽，比如收过谁的礼了，为谁说过话了，那件事处理的不公了、和东林书院那些反判份子勾接了、等等一切能至东林党命的证据。
这些弹劾其实都不重要，最重要的还是王之寀的事。这王之寀是东林党人，在天启心中王之寀是个光明磊落正直无私的人，所以当他上（复仇疏）的时候天启虽不愿翻刑部的旧帐，但也不愿凉了忠良臣子的心，给王之案加官三级让他到外任职。
几年过去了，现在王之寀忽然在天启面前成了伪君子，真小人，当年郑贵妃的竹杠都敢敲。
天启起初不信，别人说的多了也成了似信非信、于是他问了他最信任的魏忠贤，他问道：
“你说王之寀有那么大的胆子敢敲诈当年的郑贵妃吗？”
魏忠贤很聪明，几句话就把全部东林党给干掉了。
他回答道：“皇上啊？这王之寀绝对没那么大的胆子，他也没那么大的能力，但他有东林党这棵大树撑腰，什么事也能干的出来啊？当年东林党能左右万历皇帝的立储问题，难到还不敢对郑贵妃下手吗；你记不记的郑贵妃临死时在遗诏上写的冤字，这都是拜东林党人所赐啊？这王之采所得的银子一个人落了四千两，剩一万六千两银子可都分给了朝中的几位东林党重臣。可见他们是攻守同盟、其势所大呀！后来东林党人在移宫案中至所以为皇上立大功、其实是怕郑贵妃得势找他们秋后算帐，他们打着保大统的旗号在掩盖他们的卑鄙行为啊！这东林党在朝中作猖几十年，盘根错结的党徒众多，早以是可动撼江山的大患了。皇上再不管恐会出大乱子的、特别是东林书院教出来的学生。个个能言巧辩、时常讨伐政务、散布反动谣言，这是要暴动的前兆啊！”
天启道：“他们有这么厉害吗？”
魏忠贤道：“当年万贵妃都落的个破财消灾，皇上可想而知这东林党人手断有多么毒辣！”
天启道：“我说当年的挺击案中两位被指证的太监怎么会被当场打死，原来是这王之寀刑讯逼供啊！”
魏忠贤又道：“当年挺击案的卷宗臣也看过，那行凶之人张差本是疯子，后来被王之寀用饿死他的手段恐吓后，才按照王之寀所教给他的话，指证是郑贵妃的身边的太监庞保，刘成指使所为。因此才把挺击案的主谋定为郑贵妃。这之后众大臣不依，连名上书要万历皇帝处置郑责妃、郑贵妃无奈只的跪求太子，也就是先皇，先皇到万历皇上那里求情才不再追查此事。从那时起郑贵妃便背上了谋杀太子的冤名、只到现在这案情才真像大白、原来这一切都是王之寀有意为之，意在敲诈郑贵妃一大笔银子啊”
天启道：“我也问过当年拦住那张差的柳公公，具柳公公所言，那张差并无特别之处，到像是一个疯子，”
魏忠贤道：那莽汉张差只是蓟州樵夫，因家中集的柴薪让人烧了，气疯后进京申冤，走错路才手提木棍到了慈庆官、柳公公拿下他后他也实说了原由，可到了刑部王之寀审理后就成了张差是两个乡亲介绍，让他跟着一个不知名的老公进京干些事情，这老太监让他带木棍去打人，遇到人就打死，然后老太监还会救他，事成后给他几亩地和一些钱。这张差就跟着这老太监到了慈庆宫门口，那老太监手一指让他进去打人他就去了。
再后来十三司重审张差时，张差又说是同村马三道和张守财介绍的太监庞保和刘成、再后来庞保和刘成被打死、那张差的同乡马三道和李守才被判流刑，这就是当年挺击案的经过、皇上你想一下，如果郑贵妃要请人刺杀太子，会找一个疯子做这事吗：再则那慈庆官又不是只有先皇一个人在，这疯子手提一个木棒就能杀人吗：这些疑点他王之寀能看不出来吗！结果他一审把案审成了谋杀案、最后得了郑贵妃的二万两银子才算了事，可想这王之寀心有多毒、这东林党势力有多大，”
天启想了想道：“你说的也是，谁会请个疯子来杀人，看样子郑贵妃确实是冤枉的。”
魏忠贤这时忽然跪下道：“皇上啊！东林党一天不铲除，国无宁曰啊？”
天启道：“东林党一直以来都以忠君卫国的面目展示在朕的面前，想不到他们还有这么阴暗的一幕，真是罔负圣恩，命今东厂全力置办东林党一案，将东林党一网打尽。”
魏忠贤道：“皇上圣明，臣这就去办。”
就这样梃击案的结果一下子黑白颠倒了，魏忠贤的目的得到了。
魏忠贤行动很快，不到一个月时间朝野上下二百多名东林党人便被以各种不同的罪名抓了起来，都被关进了天牢。
那被下人指证说收了王之寀所分赃银的几位大臣当然也在其中，他们进了大牢后也被严刑逼供，可他们都否认此事，结果被打死几个，左光斗也在其中。
王之寀又被严审时只的承认是自己一个人得了二万两银子，并没送给任何人。这样便坐实了王之寀的罪名。
东厂的人想玩个猫戏老鼠的游戏，说让他把银子吐出来还给郑安便可放了王之寀，王之寀的家人为了救他四处借银子还债、又借了四千两交与东厂。
结果王之寀没等到凑够两万两银子出狱，而是冤死在了狱中。
东林党被一网打尽后魏忠贤把所犯死罪的东林党人名单报给了皇上，天启在名单上圈出几个他信的过的大臣不让处斩、其余的秋后全被斩首。
东林党人被斩杀一半以上，风风光光的东林党，在朝中显赫了几十年后被魏忠贤彻底铲除。
魏忠贤其实和东林党没有多大矛盾，他们也没有杀父之仇夺妻之恨，他所以要灭东林党是因为别人对他的捧杀。
他现在是九千岁，九千九百九十九岁、只和皇上差一岁了，全国到处都兴起一股建魏公祠的热潮。他正得意之时东林党却不识时务，要上书让皇上制止这种行为。
这些东林党人都是一股热血的要皇上远离阉党、那王之寀上的《复仇疏》中更是劝皇上不要宠信宦官。这些人攻击魏忠贤，可他们上的所有书都要经过魏忠贤的手皇上才能看到。
魏忠贤扣压了这些奏析，有时候他也拿一两份让皇上看，并专找皇上正忙着搞研发，没空关注这些事时才拿上去，皇上正常让魏忠贤把奏折扔一边、说让他处理。
魏忠贤得了这话便不再提上书的事，他恨东林党人，可他也没办法将他们整垮。只到这郑安开始告状、魏忠贤觉的机会来了，正好他的干儿子崔呈秀主动请缨、要斗一斗这东林党人。
魏忠贤随势就向东林党开战了、这一战、大获全胜。
