到了贞观二十一年（647年）王玄策奉唐太宗之命第二次出使天竺。不料此时统治天竺众多诸侯小国的戒日王病逝，帝那伏帝国君阿祖那趁乱篡位僭立，并实行残酷的宗教迫害（也即灭佛），于是王玄策又再次演绎了“一人灭一国”的2.0版本。
直到唐高宗显庆三年（658年），他还第三度被选为前往印度之使节，在各地访问之间，还曾前往摩河菩提寺参拜。关于这些印度旅行的事迹，他虽记录有《中天竺行记》一书，惟完本早已失却，只余下《法苑珠林》、《解迦方志》等散逸残篇。
那么，接下来问题就来了，为什么《法苑珠林》、《解迦方志》等散逸残篇留存了下来，可《中天竺行记》找不到完本了呢？
而且就是姚政在东京汴梁的太学里看过的《中天竺行记》也是只有第一次和第三次出使印度的记录，中间第二次出使印度的记载是残缺的。对于这个问题的答案，姚政和苏澈都研究过，但他们的想法过于迂腐和正统，认为在唐朝人看来，这种去别国搞事的行为有些离经叛道，虽然是出奇制胜可算不得正道，因此当时的人耻于谈论。
还有就是王玄策的作为，对于当时的大唐地缘政治而言是有百害而无一利的。
首先，作为大唐帝国使者的王玄策，他出使印度所执行的任务实际上和汉朝的张骞类似。是为大唐帝国在当时强盛的吐蕃诸邦的背后寻找战略盟友，以牵制这个强大的对手。渭水之盟后，大唐将突厥当做首要大敌而放松了对吐蕃的控制，而在松赞干布的领导下吐蕃却日渐强大。并在贞观十二年秋（638年），松赞干布率吐蕃大军攻击唐朝的松州，虽然唐军先遣部队在大江牛进达指挥下打败了吐蕃军，可也让大唐至于发现吐蕃有些尾大不掉，想弄他又一时半会弄不死，为了安抚还不得不白送一个公主（文成公主为宗室女，乃江夏王李道宗的女儿），所以当时的目的就是想到印度找个盟友，找机会在背后插吐蕃一刀。
然而最终的结果却是，大唐帝国的使者王玄策同学，在吐蕃人的帮助之下，攻击了这个本该合纵连横的对象。
尽管王玄策同学有充分的理由（使团被劫杀），并且在战术上可圈可点，“一人灭一国”的神话光环也是非常璀璨。但从帝国战略层面上来说，这无疑帮助吐蕃解除了背后潜在的威胁。以至于后来吐蕃和唐帝国的关系在当时地缘政治的环境下日渐恶化，宝应二年（763年）十月，吐蕃军队攻破长安，唐代宗被迫出逃，王同学要担负一定的责任。
因此，之后无人再提王玄策的《中天竺行记》，定然是想将他的功绩淹没在历史长河之中，残缺并且绝迹也就是很自然的情况了。
然而……如今瞧起来似乎还另有隐情啊！
